Οι ενδοκρινολόγοι αξιολογούν και θεραπεύουν όλες τις παθήσεις του θυρεοειδούς, όπως υπερθυρεοειδισμός, υποθυρεοειδισμός, αυτοάνοσες διαταραχές (Hashimoto, Graves) και όζους. Η φαρμακευτική ρύθμιση (θυρεοειδικές ορμόνες ή αντιθυρεοειδικά), σε συνδυασμό με τακτική παρακολούθηση, αποτελεί μέρος της βασικής πρακτικής. Η χρήση υπερήχων και βιοψία (FNA) συμπληρώνει την ασφαλή διαχείριση των όζων και την έγκαιρη διάγνωση.

Μια άλλη σημαντική πτυχή που πρέπει να ληφθεί υπόψη είναι η λειτουργία του θυρεοειδούς και οι παθολογίες του θυρεοειδούς που εμφανίζονται κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, τις οποίες ο ενδοκρινολόγος έχει ως καθήκον να αναγνωρίσει άμεσα με συγκεκριμένες εξετάσεις και να θεραπεύσει.